Иеросхимонах Стефан (в миру — Дмитрий Иванович Игнатенко) родился в 1886 году в селе Вознесенское Владикавказского уезда в семье терского казака Ивана Давидовича Игнатенко.
В 1898 году после кончины матери двенадцатилетним подростком Димитрий примкнул к паломникам и отправился на Святую гору Афон. Во время недолгого пребывания на Святой горе, Димитрий тяжело заболел и по совету афонских старцев вернулся в Россию.
В 1908 году Димитрий Иванович Игнатенко поступил послушником во Второ-Афонский Бештаугорский Свято-Успенский мужской монастырь, где духовно окормлялся у настоятеля иеросхимонаха Герасима Попова. В 1914 году пострижен в монаха с именем Стефан в честь преподобномученика и исповедника Стефана Нового.
В 1916 году иеродиакон Стефан был рукоположен в иеромонаха. В те годы он служил на подворье монастыря в Пятигорске, заведовал церковно-приходской школой для бедноты, собирал помощь фронту (шла Первая Мировая), служил в небольшом домовом храме преподобного Серафима Саровского. Последующие события 1917 года разметали это подворье и принесли кровь и смерть в тихий курортный Пятигорск.
В 1925 году иеромонах Стефан в поисках уединения покинул монастырь и ушел в горы со своим келейником Серафимом, которого очень любил. Там, в районе Цебельды, они устроили себе небольшие кельи и жили отшельнической жизнью. Однако в 1930 году прибывшие войска НКВД выгнали их келий монахов и кнутами по горной дороге погнали на Сухум, и дальше на Тифлис. Там их поместили в трудовой лагерь, из которого уже не было никакой надежды освободиться. Но Господь не оставил отца Стефана и дал ему силы пережить лагерные годы. В 1937 г., при помощи Божией, отец Стефан вернулся на родной Терек и временно остановился у своих духовных чад во Владикавказе. Так начались его многолетние скитания по Тереку: Владикавказ, Нальчик, Баксан, станицы Горячеводская и Архонская, где он жил у семьи Мормыль, родителей будущего архимандрита Матфея. Повсюду батюшка, живший очень скромно, помогал в меру сил нуждающимся странникам и монахам, укрывавшимся от репрессий.
В 1943 году отец Стефан поселился в станице Горячеводской под Пятигорском, где прожил до 1947 года, затем снова перебрался во Владикавказ. К нему присоединился Симеон Иудович, бывший келейником батюшки до самой его кончины.
В 1949 году Архиепископ Антоний (Романовский) принял отца Стефана в клир Ставропольской епархии. Владыка, сам прошедший лагеря и ссылку, старался всячески оградить иеромонаха Стефана от внимания властей, посылая его в дальние приходы, глухие станицы. Оказавшись в том же году в Кисловодске, шестидесятитрехлетний старец прошел медицинское обследование. Обнаружилось, что здоровье, подорванное лагерями и скитаниями, было совсем неважным. В 1953 году отец Стефан был уволен за штат по болезни, прихожане и родственники стали настойчиво просить батюшку переехать в курортный Кисловодск, подходящий ему по климату. В 1956 году для него была куплена небольшая, утопающая в цветах хатка с вишневым садом на самой окраине бывшей Кисловодской станицы, вошедшей к тому времени в черту города.
В Кисловодске отец Стефан помогал служить и исповедовать в храме во имя святого великомученика и целителя Пантелеимона. В 1965 году Пантелеимоновский храм закрыли, а затем взорвали, приход перевели в район станции «Минутка». В последующие годы отец Стефан возносил свои молитвы к Богу в своём маленьком домике, постоянно принимая людей, идущих к нему за молитвенной поддержкой и наставлением. Отец Стефан имел дар пророчества и чудотворения. Никто из приходящих к нему, не уходил не утешенным и всегда получал духовную помощь и полезный совет.
В день памяти первомученика архидиакона Стефана 15 августа 1968 года, архимандрит Матфей Мормыль постриг отца Стефана в великую схиму с оставлением прежнего имени.
К своей кончине иеросхимонах Стефан относился очень спокойно. Постепенно угасая, он утешал своих духовных чад, говоря, что умрет «рано-рано весной».
Иеросхимонах Стефан отошел в вечную жизнь в 10 часов 25 минут утра 13 февраля 1973 года. Отец Стефан похоронен на кисловодском кладбище по ул. Седлогорской. Над его могилой устроена сень, под которой не смолкает молитва о упокоении великого молитвенника, исповедника и подвижника веры ХХ века.