Вместе с разрушением собора в 1936 году был уничтожен некрополь, где были упокоены люди, в разные годы жившие в Кисловодске, строившие этот город, любившие его, творившие для его блага и нашедшие в его земле свой последний приют. Это священнослужители, дворяне, военные, поэты, писатели, знаменитые горожане, внесшие вклад в развитие курорта.
На месте некрополя сохранилось единственное захоронение с памятником знаменитому русскому художнику Николаю Александровичу Ярошенко.
Н.А. Ярошенко — дворянин, военный инженер, известный живописец второй половины XIX века. Его произведения украшают залы Третьяковской галереи, Русского музея и залы кисловодского мемориального музея-усадьбы им. Н.А. Ярошенко.
После смерти Н.Н. Крамского Ярошенко возглавил товарищество передвижных выставок и стал душою кружка передовых и талантливых людей того времени. Жил он в своей усадьбе «Белая вилла», расположенной через дорогу, напротив собора. Здесь, в усадьбе были гостями Ф.И. Шаляпин, JI.B. Собинов, И.Е. Репин, А.И. Куинджи, А.С. Аренский, С.В.Рахманинов, М.Н. Нестеров и много других выдающихся сынов России.
Николай Александрович умер 25 июня 1898 года. «Похоронили Николая Александровича в церковной ограде, под раскидистым деревом, вся могила в цветах, много венков, направо виден дом с мастерской, любимым балконом, налево горы, также любимые покойным» — писал известный русский художник Михаил Нестеров.
Над проектом памятника на могиле художника работали Н.Н. Дубовской и П.А. Брюллов. Бюст Николая Александровича изготовил его друг и земляк JI.B. Позен. Памятник на могиле художника имеет художественную и мемориальную ценность и является объектом культурного наследия.
В настоящее время на месте бывшего некрополя установлена скульптура ангела и высечены на мраморных плитах восстановленные из небытия имена более сорока человек, погребенных в ограде Никольского собора. За алтарной стеной собора были погребены в семенном склепе члены семьи Сафоновых, среди которых знаменитый русский музыкант и педагог Василий Ильич Сафонов.
— Сафонов Илья Иванович – казачий генерал-лейтенант – 71 год, 1825- 22 августа 1896. Отец известного музыканта и педагога Василия Сафонова — Илья Иванович Сафонов был попечителем строительства Никольского собора. При его участии и материальной поддержке в Кисловодске был построен вокзал и Курзал железной дороги.
— Сафонова Анна Илларионовна – супруга И.И. Сафонова, 1827- ноябрь 1906 гг.
— Сафонов Василий Ильич — 25 января [6 февраля] 1852, — 14 [27] февраля 1918 г. Знаменитый музыкант и педагог, русский дирижёр, пианист, педагог, общественный деятель. Один из наиболее заметных и авторитетных представителей музыкальной культуры России в конце XIX и начале XX веков. Близость его дочери Анны с адмиралом Колчаком вызвала враждебное отношение советской власти. На долгие десятилетия имя Сафоновых было предано забвению. В настоящее время именем В.И.Сафонова назван Большой зал государственной Северо-Кавказской филармонии и музыкальная школа города.
— Сафонов Сергей Васильевич – корнет, сын В.И. Сафонова – 1889- погиб в 1915 году. Василий Ильич был настоящим патриотом и воспитал в том же духе своих десятерых детей. Его сын Сергей — корнет 17-го Нижегородского Его Величества драгунского полка — герой Первой Мировой войны был похоронен в ограде Свято-Никольского храма. Провожая Сергея на фронт, Василий Ильич сказал: «Вот и я дожил до счастливого дня, когда мой сын идёт защищать Родину». Служил Сергей в драгунском Нижегородском полку в Тифлисе, убит в бою под Вильно.
— Сафонова Варвара Ивановна – 1863- 1921 гг. супруга В.И. Сафонова.
Вот еще несколько известных имен погребенных в некрополе собора:
— Склотовский Павел Иосифович — 62 года, 1841 — 27 декабря 1903. Главный врач Кисловодска. Эпитафия гласила — «Первому гражданину от граждан г. Кисловодска». В 1902 году доктор П. И. Склотовский открыл первый в Кисловодске круглогодичный «гигиенический» пансион для малокровных, слабогрудых и нервных больных. Большое внимание в этом пансионате уделялось уходу за больными, которые состояли под наблюдением главного врача.
— Гайдаев Федор Николаевич – 38 лет, 1858 — 5 января 1896 гг. Знаменитый официальный фотограф Кавказских Минеральных Вод. Имел собственные фотоателье в Кисловодске и Пятигорске. Автор серий фотографий видов Кавказа, опубликованных в нескольких альбомах. Фотографии этого русского фотографа высоко ценились до революции, наряду с обычными альбомами выпускались единичные уникальные альбомы для высокопоставленных лиц, которые были доступны лишь избранным. На надгробии была высечена эпитафия: «Да будет воля Твоя».
— Коленкин Григорий Ефимович – 52 года, 1850 — 6 января 1902, эпитафия: «Едина чистая и непорочная Дева, моли о спасении души его». Доходный дом Коленкиных, построен в 1900 году. Это — большой 3-х этажный кирпичный дом, выходит своим фасадом на Свято-Никольский собор. В настоящее время в здании располагается Православная Свято-Никольская классическая гимназия.